根据《在中国境内就业的外国人参加社会保险暂行办法》第2条的规定:“与境外雇主订立雇用合同后，被派遣到在中国境内注册或者登记的分支机构、代表机构（以下称境内工作单位）工作的外国人，应当依法参加职工基本养老保险、职工基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险，由境内工作单位和本人按照规定缴纳社会保险费。”缴纳对象的判断依据在于，中国企业与日方驻在员之间形成了事实劳动关系。

《社会保险法》规定“外国人在中国境内就业的，参照本法规定参加社会保险。”所以，日方驻在员在贵司工作，适用《社会保险法》的规定。根据《社会保险法》第62条规定：“用人单位未按规定申报应当缴纳的社会保险费数额的，按照该单位上月缴费额的百分之一百一十确定应当缴纳数额；缴费单位补办申报手续后，由社会保险费征收机构按照规定结算。”第63条规定：“用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足”。因此，中国企业应当为日方驻在员补缴社会保险。

根据《人力资源社会保障部办公厅关于实施中国-日本社会保障协定的通知》的规定，日方驻在员属于适用免缴基本养老保险的人员。协定中也明确规定了

日本适用免除在华缴纳相关社会保险费的人员应当是“已在中国国内按规定参加了职工基本养老保险，并按时足额缴纳保险费的人员。”因此，中国企业的日方驻在员申请适用协定的基础是贵司为其参加社会保险。

中国企业需要办理免缴备案手续。中国企业无需到社保中心办理与免缴相关的任何手续，需要到南沙开发区税务局办理免缴备案手续，具体的操作办法是：携带《社会保险费明细申报表》原件、日方驻在员护照复印件、日方驻在员登记就业证原件及复印件、5人以上日本国籍员工的还需要提供电子导盘文件到南沙开发区税务局办理外国员工增员手续。[重要提示：缴费人办理社保费事项填写的表格单书，涉及用人单位的表格和资料应加盖单位公章，涉及个人的表格和资料应由本人签名，复印件需注明“此复印件与原件相符”。缴费人对报送资料的真实性和合法性承担责任。]

日方驻在员办理免缴养老保险的前提条件是贵司已经为其缴纳社会保险，只有为参加了社会保险，贵司才能向税务局出具《社会保险费明细申报表》，才能办理养老保险的免缴备案手续。外籍员工参加社会保险的基数和费率与中国员工一致。